El Programa de Ciencias Odontológicas Aplicadas ofrece cursos de Maestría y Doctorado en las siguientes áreas de concentración: Biología oral, Estomatología, Radiologia e Imaginología; Cirugía; Odontología Restauradora y Estética; Endodoncia; Odontopediatría; Ortodoncia y Salud Colectiva; Patología Bucal, Periodoncia y Rehabilitación Oral. Los Cursos de Postgrado de la FOB involucran actividades clínicas, de laboratorio, y de investigación, siendo responsable por la formación docente de profesores permanentes de diversas Instituciones Educativas en todos los Estados Brasileros y en diversos países del Exterior.