A Pós-Graduação da FOB foi implantada em 12 de maio de 1970, com o Curso de Odontologia com o programa de Reabilitação Oral e no mesmo ano de Estomatologia. Outros Programas e Áreas de Concentração foram gradativamente criados:
Dentística (1972); Ortodontia (1973); Odontopediatria (1975); Periodontia (1977 – 2002); Endodontia (1981); Patologia (1981); Materiais Dentários (1981); Saúde Coletiva (1999); Biologia Oral, Estomatologia, Radiologia e Imaginologia (2003), Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofacial (2014); Periodontia (2018).
Em 29 de maio de 2005, foi implantado o programa de pós-graduação em Fonoaudiologia.
Desde sua implantação até dezembro de 2020, a Pós-graduação FOB titulou 1901 alunos de Mestrado e 990 alunos de Doutorado.